Работает директором Санкт-Петербургского института информатики и автоматизации Российской академии наук, заведующим базовой кафедрой "Автоматизации научных исследований" Санкт-Петербургского государственного электротехнического университета, деканом факультета "Национальная безопасность" и профессором кафедры "Управление городским хозяйством" Санкт-Петербургского государственного технического университета. Он является членом Президиума Санкт-Петербургского научного центра РАН, председателем Объединенного Научного совета этого центра по информатике, членом Научного совета Совета Безопасности РФ, члена Совета РАН "Научные телекоммуникации и информационная инфраструктура", членом Российского комитета по автоматическому управлению, заместителем председателя Научного совета по информатизации Санкт-Петербурга, членом Северо-Западной секции содействия развитию экономической науки РАН, председателем докторского диссертационного совета, членом редколлегий ряда российских и международных журналов. Заслуженный деятель науки и техники РФ, Почетный радист СССР, награжден Орденом Красной звезды (1978) и Орденом Почета (1999). В области научной деятельности проводит фундаментальные и прикладные исследования по следующим направлениям. Разработка и развитие концептуальных и теоретических основ информатики, информатизации, информационного общества и информационной безопасности. Дальнейшее развитие теории чувствительности сложных информационно-управляющих систем. Р.М.Юсупов является одним из основателей отечественной научной школы по теории чувствительности. О признании этой школы мировой научной общественностью свидетельствует издание в 1999 году монографии автора в США (Sensitiviti of Automatik Control S, 436 р.). Создание нового научного направления в моделировании - квалиметрии моделей (методы оценивания качества моделей - адекватность, чувствительность, сложность и т.д.). Исследования, связанные с обобщением информационных моделей развития науки, влиянием информации на развитие экономики, науки, образования и т.д. Р.М.Юсупов является руководителем ряда проектов по Федеральной целевой программе "Государственная поддержка интеграции высшего образования и фундаментальной науки на 1997 - 2000 гг.", выполняемых совместно с СПбГУ, СПбГТУ, СПбГЭТУ, СПбИТМО, РГПУ и связанных с созданием учебно-научных центров в области информатики и информационных технологий. Им подготовлен и прочитан курс по основам теории управления и принятию решений для специалистов по управлению городским хозяйством в СПбГТУ. Под руководством Р.М.Юсупова в СПИИРАН создан учебный центр по переподготовке и повышению квалификации специалистов в области новых информационных технологий. Под руководством и с участием Р.М.Юсупова созданы концепции информатизации Санкт-Петербурга и типового района крупного города, стратегия перехода Санкт-Петербурга в информационное общество. В указанных и других областях Р.М.Юсуповым опубликовано более 300 научных трудов, в том числе 16 монографий и учебников. Одна из монографий издана в США. В настоящее время готовится к изданию монография по научно-методологическим основам информатизации общества. Является автором 12 изобретений. Предложенная им программа деятельности в РАЕН позволит в случае ее реализации внедрить новейшие достижения в области информатики и информационных технологий в развитие наукоемких отраслей промышленности Санкт-Петербурга и России, в том числе и с использованием накопленного научно-технического задела в Российской академии наук и РАЕН. Конструктивность предложенной программы вытекает из того факта, что в распоряжении Р.М.Юсупова как директора единственного на Северо-Западе России крупного академического института имеются для ее реализации высококвалифицированный научный потенциал и информационные ресурсы.